Paroki San Juan berawal dari kedatangan orang-orang melayu Katolik yang menetap di daerah pesisir pantai. Mereka membentuk dua kampung, yaitu Kampung Tengah dan Kampung Kota. Dari dua kampung inilah kemudian lahir cikal bakal Paroki San Juan.
Lambat laun, wilayah ini semakin ramai didatangi orang, termasuk masyarakat asli yang tinggal di daerah bernama Pusi Goa, yang sekarang dikenal sebagai lingkungan Lebao. Semua kampung ini kemudian disebut sebagai wilayah Lebao-Tengah, yang dulunya merupakan stasi (wilayah pelayanan) dari Paroki Reinha Rosari Larantuka. Wilayah Lebao-Tengah mencakup tujuh kampung: Gege, Lebao, Kampung Tengah, Riang Nyiur, Tabali, Kota Sau, dan Kota Rowido.
Pada awalnya, umat Katolik di sana hanya memiliki sebuah rumah kecil untuk beribadat. Namun, karena jumlah umat semakin banyak, mereka merasa perlu membangun gereja yang lebih besar. Pada bulan Mei 1936, Pastor Eben, SVD, bersama para tetua adat mulai merencanakan pembangunan bangunan gereja baru. Pembangunan ini dikerjakan bersama 120 kepala keluarga Katolik serta warga adat sekitar yang belum Katolik.
Pada bulan November 1938, gereja baru diresmikan dalam perayaan misa dan upacara adat tukar rengki antar suku. Gereja ini diberi nama Gereja Santo Yohanes Pemandi. Saat itu, wilayah gereja ini masih menjadi bagian dari Paroki Waibalun dan dilayani oleh imam-imam dari paroki sekitar.
Berdasarkan data Keuskupan, Paroki San Juan secara resmi berdiri pada tahun 1951 dengan nama Paroki San Juan Lebao Tengah. Pastor pertamanya adalah Pastor Yan Van Asten, SVD.